TSO500靶向測序平臺與軟件間的比較
如圖1a和1b所示,NovaSeq 6000,NextSeq 550,GenoLab M和FASTASeq 300四個測序平臺在SNP和InDel檢測的靈敏度(sensitivity)方面表現(xiàn)出幾乎一致的結(jié)果,雖然SiNVICT和Mutect2在InDel的calling上有一些細(xì)微差異。FASTASeq 300測序儀基于SNVer和VarScan2軟件,可以檢出樣本中全部的SNP和InDel突變(sensitivity=100%)。對于F-score和精確度(precision),SNVer和VarScan2在SNP和InDel檢測上也表現(xiàn)最好。此外,與ddPCR驗證的真集相比,四個測序平臺一致性都比較高,特別是使用SNVer和VarScan2兩個分析工具(1c)。
Pearson相關(guān)系數(shù)(r)熱圖(圖1d)顯示,在相同的軟件下,不同測序平臺呈現(xiàn)出相似的整體性能。隨后,研究者比較了不同測序平臺與分析軟件間高置信度變異的檢測數(shù)量(圖1e),發(fā)現(xiàn)所有數(shù)據(jù)集的一致性高達(dá)93.4%(198/212)。其中,F(xiàn)ASTASeq 300能檢測到更多的特有突變,特別是通過SNVer和VarScan2兩個軟件。
綜上,在SNP和InDel的突變檢出方面,分析軟件間比測序平臺間表現(xiàn)出的差異更大,F(xiàn)ASTASeq 300在SNVer和VarScan2軟件下表現(xiàn)更優(yōu)。
一般而言,測序深度的增加有助于變異檢測結(jié)果的重現(xiàn)和低頻突變的檢出,但需要更長的分析時間、更高的計算復(fù)雜度以及成本。研究者以突變檢出表現(xiàn)最好的FASTASeq 300測序平臺和SNVer以及VarScan2兩款軟件為研究重點,比較了不同測序深度下變異檢測時間、內(nèi)存使用、SNP和InDel檢測靈敏度的差異,期望探索到保證高靈敏度的情況下所需的最低測序深度(圖1f和1g,結(jié)果表明:至少500x的測序深度可以保證全部突變的檢出,而VarScan2軟件消耗內(nèi)存更少,運(yùn)行時間更短)。
TargetSeq One捕獲的cf DNA測序平臺與分析軟件的比較
對于cf DNA樣本,軟件SNVer和VarScan2在SNP和InDel檢測方面表現(xiàn)出色。F-score, 召回率(recall)和精確度都接近100% (Fig. S2),三個測序平臺NovaSeq 6000,MGISEQ 2000和SURFSeq 5000結(jié)果也很一致。
cell line樣本的分析軟件比較
通過下載公開數(shù)據(jù)集,研究者獲取到3個乳腺癌和3個卵巢癌的panel測序結(jié)果,并使用上述五款軟件進(jìn)行突變檢測,結(jié)果表明:SNVer和VarScan2兩款軟件同樣表現(xiàn)更優(yōu),其檢測結(jié)果最接近真集。