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  • 感染防控
  • 腫瘤基因檢測
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  • 農(nóng)業(yè)與生態(tài)環(huán)境
  • 單細(xì)胞與空間組學(xué)
遺傳病攜帶者篩查
遺傳病攜帶者篩查

高通量基因測序技術(shù)已經(jīng)成為遺傳病篩查的重要手段,一次性可以檢測數(shù)百遺傳疾病。隨著測序成本不斷下降以及人們對遺傳疾病認(rèn)識逐漸深入,攜帶者篩查將對優(yōu)生優(yōu)育、提高出生人口質(zhì)量發(fā)揮越來越重要的作用。

無創(chuàng)產(chǎn)前篩查(NIPT)
無創(chuàng)產(chǎn)前篩查(NIPT)

染色體非整倍體是目前新生兒臨床上最常見的染色體疾病,其發(fā)病率通常隨孕婦年齡增長而升高。傳統(tǒng)的產(chǎn)前診斷方法采用絨毛膜/羊膜穿刺的有創(chuàng)手段,存在宮內(nèi)感染風(fēng)險及1%的流產(chǎn)風(fēng)險?;贒NA測序的無創(chuàng)產(chǎn)前篩查(Non-Invasive Prenatal Testing, NIPT)可準(zhǔn)確檢測唐氏綜合征(T21)、愛德華綜合征(T18)、帕陶氏綜合征(T13)三大染色體非整倍體及性染色體異常,同時避免感染和流產(chǎn)風(fēng)險。通過抽取5-10ml孕婦靜脈血進(jìn)行測序和生物信息學(xué)分析,獲得胎兒遺傳信息,從而判斷胎兒是否存在染色體非整倍體疾病,及早發(fā)現(xiàn)并解決問題,降低出生缺陷率。

染色體拷貝數(shù)變異篩查(CNV-seq)
染色體拷貝數(shù)變異篩查(CNV-seq)

拷貝數(shù)變異(CNV)是指染色體上DNA片段的增加或者減少,通常DNA片段大小超過1kb。致病性CNV往往可導(dǎo)致比較嚴(yán)重的遺傳病,其臨床表型復(fù)雜多變,主要包括智力低下、發(fā)育滯后、面容異常、多發(fā)畸形等。CNV檢測除能發(fā)現(xiàn)顯微水平的染色體不平衡改變外,亦能發(fā)現(xiàn)傳統(tǒng)G顯帶核型分析(通常<5~10 Mb)所無法檢出的染色體亞顯微結(jié)構(gòu)異常。在兒科領(lǐng)域,CNV檢測已被作為不明原因發(fā)育滯后/智力低下、孤獨(dú)癥伴(或不伴)多發(fā)畸形患兒的一線檢測方法,目前也被作為流產(chǎn)組織及針對超聲發(fā)現(xiàn)結(jié)構(gòu)異常的胎兒進(jìn)行產(chǎn)前診斷的一線遺傳學(xué)檢測方法。

胚胎植入前基因檢測(PGT)
胚胎植入前基因檢測(PGT)

與傳統(tǒng)依賴顯微鏡技術(shù)挑選胚胎的胚胎形態(tài)學(xué)相比,基于DNA測序的胚胎植入前遺傳學(xué)篩查可直接檢測胚胎的遺傳物質(zhì),對受精卵發(fā)育至第3天的卵裂球或者發(fā)育至第5天的囊胚期滋養(yǎng)層進(jìn)行細(xì)胞分離和測序,一次性分析23對染色體的結(jié)構(gòu)和數(shù)目異常,為選擇健康胚胎移植提供可靠的遺傳信息參考,提高試管嬰兒的有效妊娠率,降低流產(chǎn)率。

新生兒遺傳病篩查
新生兒遺傳病篩查

基于DNA測序的遺傳病診斷,可直接獲得與個體表型相關(guān)的基因序列,鑒定功能性變異位點(diǎn),以更快更準(zhǔn)確的方法確定致病基因及突變位點(diǎn),加速遺傳病診斷。由于很多遺傳病為后天發(fā)病,對新生兒進(jìn)行遺傳病篩查,可在患兒臨床癥狀還未表現(xiàn)之前或表現(xiàn)輕微時進(jìn)行早期診斷、早期治療,防止機(jī)體組織器官發(fā)生不可逆損傷,盡量避免患兒發(fā)生嚴(yán)重神經(jīng)系統(tǒng)疾病、其他嚴(yán)重疾病或死亡。

FASTASeq 300、GenoLab M、SURFSeq 5000將為您提供:


●?高集成度:DNA模板擴(kuò)增與合成測序反應(yīng)集成于測序芯片表面進(jìn)行。樣品制備完成后即可直接上機(jī),實(shí)現(xiàn)擴(kuò)增測序流程一體化。

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●?多種通量結(jié)合:用戶根據(jù)自身應(yīng)用需求靈活搭配相關(guān)測序試劑盒。

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應(yīng)用案例

基于FASTASeq 300人全外顯子組重測序

樣本類型:基于HG001(NA12878)、HG002(NA24835)構(gòu)建Agilent SureSelect Human All Exon V6文庫HG001-WES、HG002-WES;

測序策略:HG001-WES、HG002-WES文庫分別使用FASTASeq 300、GenoLab M、NV測序平臺進(jìn)行PE150測序,分別抽取12Gb數(shù)據(jù)進(jìn)行分析;

測試結(jié)果:三個測序平臺檢測SNV的靈敏度、精確度、F1-Score均高達(dá)99%以上;檢測InDel的靈敏度均高達(dá)99%以上、精確度和F1-Score均達(dá)到了85%以上;


新生兒遺傳病篩查

新生兒遺傳病篩查

測試結(jié)論:FASTASeq 300在生殖細(xì)胞突變(SNV和InDel)檢測的靈敏度和精確度上表現(xiàn)優(yōu)異。


基于GenoLab M人全外顯子組重測序

樣本類型:基于NA12878細(xì)胞系構(gòu)建Agilent SureSelect Human All Exon V6 WES文庫(Panel Size: 60Mb);

測序策略:同一個外顯子文庫分別在 GenoLab M、NV和NX測序平臺進(jìn)行PE150測序,GenoLab M平臺進(jìn)行3次重復(fù)測序,分別抽取12Gb數(shù)據(jù)進(jìn)行分析;

測試結(jié)果:三個測序平臺在SNP和InDel檢測的精確度和靈敏度上表現(xiàn)一致,GenoLab M平臺檢測SNP和InDel的精確度分別達(dá)到了99%及88%以上,靈敏度分別達(dá)到了99%與91%以上;



新生兒遺傳病篩查


新生兒遺傳病篩查

測試結(jié)論:GenoLab M 平臺測序質(zhì)量優(yōu)異且穩(wěn)定、基因組目標(biāo)區(qū)域覆蓋均一性好、數(shù)據(jù)有效率高。


基于SURFSeq?5000人全外顯子組重測序

樣本類型:使用Agilent SureSelect Human All Exon V6基于HG001~HG005構(gòu)建5個WES文庫;

測序策略:HG001~HG005 WES文庫分別使用SURFSeq 5000(SF)、NV測序平臺進(jìn)行PE150測序,每樣本采用~100×有效測序深度數(shù)據(jù)進(jìn)行分析;

測試結(jié)果:Q30、比對率、覆蓋度等指標(biāo)上,SF和NV兩平臺性能相近;SURFSeq 5000 HG001~HG005 WES SNP突變檢出的F1-Score均≥99.4%(高于NV平臺),InDel突變檢出的F1-Score均≥89.1%(高于NV平臺);


新生兒遺傳病篩查


新生兒遺傳病篩查

測試結(jié)論:SURFSeq 5000在生殖細(xì)胞突變(SNV和InDel)檢測的靈敏度和精確度上表現(xiàn)優(yōu)秀。


基于SURFSeq 5000人全基因組重測序

樣本類型:基于GIAB HG001~HG005構(gòu)建5個WGS PCR-Free文庫;

測序策略:分別使用SURFSeq 5000(SF)、NV測序平臺進(jìn)行PE150測序,采用~30×有效測深數(shù)據(jù)進(jìn)行對比分析;

測試結(jié)果:在生殖細(xì)胞突變檢測層面,SURFSeq 5000平臺HG001~HG005 SNV F1-Score均值為99.27%(高于NV平臺),InDel F1-Score均值為95.52%(高于NV平臺);


新生兒遺傳病篩查


新生兒遺傳病篩查

測試結(jié)論:SURFSeq 5000在生殖細(xì)胞突變(SNV和InDel)檢測的靈敏度和精確度上表現(xiàn)優(yōu)秀。


GenoCare 1600將為您提供(僅適用于NIPT、CNV-seq):


●?一體化的測序分析平臺:測序數(shù)據(jù)自動導(dǎo)入生物信息分析系統(tǒng),直接出具檢測結(jié)果;

●?檢測結(jié)果準(zhǔn)確可靠:GenoCare 1600特有的單分子檢測技術(shù),無需PCR擴(kuò)增,避免由于GC偏好帶來的測序偏差,降低信息分析復(fù)雜度,提升檢測靈敏度和特異性;

●?檢測速度快從樣品到出具檢測報告可在一天內(nèi)完成;

●?通量靈活:根據(jù)樣本量靈活選擇通道數(shù),無論是單個樣本還是批量樣本均可靈活處理。

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應(yīng)用案例

基于GenoCare 1600染色體拷貝數(shù)變異篩查(CNV-seq)

基于GenoCare 1600單分子基因測序儀,對9種不同拷貝數(shù)變異的細(xì)胞系gDNA樣本進(jìn)行 CNV-Seq檢測,每種細(xì)胞系樣本重復(fù)3次,其檢測結(jié)果與Affymetrix CytoScan 750K 微陣列檢測結(jié)果100%一致。


新生兒遺傳病篩查


GenoCare?1600CNV-Seq檢測流程在樣本制備及測序過程無PCR擴(kuò)增偏向的引入,且測序數(shù)據(jù)經(jīng)儀器自帶的GC偏好校正軟件校正后,可進(jìn)一步提升檢測結(jié)果的準(zhǔn)確度和靈敏度。


新生兒遺傳病篩查


相關(guān)文獻(xiàn):

1.?Systematic evaluation of multiple NGS platforms for structural variants detection[J].Journal of Biological Chemistry,2023.

2.?Accuracy benchmark of the GeneMind GenoLab M sequencing platform for WGS and WES analysis[J].BMC genomics,2022.

3.?Non-invasive Prenatal Screening for Common Fetal Aneuploidies by Single Molecular Sequencing[J].Laboratory Investigation,2022.

4.?Prenatal diagnosis of a trisomy 7 mosaic case: CMA, CNV-seq, karyotyping, interphase FISH, and MS-MLPA, which technique to choose?[J].BMC Pregnancy and Childbirth,2024.

5.?Assessing the impact of sequencing platforms and analytical pipelines on whole-exome sequencing[J].Frontiers in Genetics,2024.

相關(guān)推薦
感染防控

√??病原體快速鑒定、防控

√??病原體溯源、變異株監(jiān)控

√??病原體耐藥基因檢測

√??出入境檢驗(yàn)檢疫

√??疫苗、藥物研發(fā)


感染性疾病是一類影響范圍極廣的疾病類型,準(zhǔn)確鑒定感染病原體對于疾病的診斷和治療具有重要作用。在感染性疾病的實(shí)驗(yàn)室診斷中,傳統(tǒng)檢測方法如鏡檢、涂片檢出率低,培養(yǎng)法耗時且僅能用于小部分病原體檢測,血清學(xué)、生化及PCR法僅能針對已知的病原體進(jìn)行檢測且檢測通量低,無法對感染原因不明及新發(fā)病原體進(jìn)行檢測。基于NGS技術(shù)的病原微生物檢測可一次性針對多種已經(jīng)和未知病原微生物進(jìn)行鑒定,同時分析病原體毒力基因和耐藥基因,幫助醫(yī)生快速對感染病原體做出判斷,并提供最合理的治療方案,提升診療效率。??


此外,針對烈性傳染病,NGS技術(shù)可以快速鑒定致病病原體、突變體、快速溯源,及時研判病原體的傳染性、致病性,為傳染病防控提供科學(xué)依據(jù)。在疫苗、藥物研發(fā)過程中,控制微生物污染非常關(guān)鍵,NGS技術(shù)可以一次性檢測多種微生物,助力疫苗、藥物研發(fā)的順利開展。

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●?檢測速度快:支持自定義數(shù)據(jù)輸出節(jié)點(diǎn),數(shù)小時內(nèi)可以得到病原體檢測結(jié)果。

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應(yīng)用案例

基于FASTASeq 300宏基因組高通量測序(mNGS)

樣本類型:基于4個人源比例Zymo菌群標(biāo)準(zhǔn)品(人源比例:0%、90%、99%、99.9%)構(gòu)建文庫Zymo_0%、Zymo_90%、Zymo_99%、Zymo_99.9%;

測序策略:每個文庫均使用FASTASeq 300進(jìn)行4次SE75測序,Zymo_0% 2M reads用于分析,Zymo_90%/99%/99.9% 20M reads用于分析;

測試結(jié)果:FASTASeq 300針對不同人源比例樣本檢出菌株的相對豐度一致;


感染防控


測試結(jié)論:針對人源比例0~99.9%的微生物樣本,F(xiàn)ASTASeq 300在微生物檢出的精確度和精密度上表現(xiàn)優(yōu)異。

FASTASeq 300配置靈活多樣、操作簡單、高質(zhì)量數(shù)據(jù)4.5小時極速交付,在病原體快速檢測方面具有強(qiáng)大的優(yōu)勢。

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基于GenoLab?M宏基因組高通量測序(mNGS)

樣本類型:宏基因組標(biāo)準(zhǔn)品-ZymoBIOMICS??Microbial?Community?DNA Standard(Zymo?Research);

測試策略:在宏基因組Zymo標(biāo)準(zhǔn)品中摻入不同比例的人源gDNA形成梯度模擬樣本,每個梯度分別構(gòu)建3個文庫并同時在GenoLab?M和NS測序平臺進(jìn)行SE75測序;

測試結(jié)果:在不同人源比例的微生物(0.1%-100%)宏基因模擬樣本中,GenoLab M檢出的菌株及相對豐度與Control和NS平臺一致性高;


感染防控


感染防控


感染防控

測試結(jié)論針對不同人源比例的微生物樣本,GenoLab?M在微生物檢出的精確度和精密度上表現(xiàn)優(yōu)異。


相關(guān)文獻(xiàn):

1. Coinfection of SARS-CoV-2 and influenza A (H3N2) detected in bronchoalveolar lavage fluid of a patient with long COVID using metagenomic next?generation sequencing: a case report[J].Frontiers in Cellular and Infection Microbiology,2023.

2.?Genetic characterization of human adenoviruses in patients using metagenomic next-generation sequencing (mNGS) in Hubei, China, from 2018 to 2019[J].Frontiers in Microbiology,2023.

3.?Development of Synbiotic Preparations That Restore the Properties of Cattle Feed Affected by Toxin-Forming Micromycetes[J].Agriculture,2023.

4.?Comparative analysis of clinical and immunological profiles across Omicron BA.5.2 subvariants using next-generation sequencing in a Chinese cohort[J].Frontiers in Cellular and Infection Microbiology,2023.

5.?Case Report: Four cases of SARS-CoV-2-associated Guillain-Barré Syndrome with SARS-CoV-2-positive cerebrospinal fluid detected by metagenomic next-generation sequencing: a retrospective case series from China[J].Frontiers in Immunology,2023.

6.?Draft genome sequence of perfluorinated acids C7–C9 degrading bacterium Pseudomonas mosselii 5(3), isolated from soil contaminated with pesticides[J].Microbiology Resource Announcements,2023.

7.?Biodegradation Potential of C7-C10 Perfluorocarboxylic Acids and Data from the Genome of a New Strain of Pseudomonas mosselii 5(3)[J].Toxics,2023.

相關(guān)推薦
腫瘤基因檢測
腫瘤基因檢測

√??早篩早診

√? 伴隨診斷、用藥指導(dǎo)、預(yù)后評估

√??遺傳性腫瘤篩查


基于DNA測序的腫瘤分子診斷,可對每個腫瘤患者進(jìn)行基因分型,分析腫瘤細(xì)胞變異靶點(diǎn)、藥物相關(guān)基因以及個體遺傳差異,獲得最精確的診斷結(jié)果,同時制定個性化治療方案,選擇適宜的治療藥物,延長患者生存時間,提高生存質(zhì)量。此外,對于有家族腫瘤遺傳史的人群,進(jìn)行腫瘤風(fēng)險基因檢測,可幫助其評估罹患腫瘤的風(fēng)險,早發(fā)現(xiàn)早預(yù)防。

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應(yīng)用案例

基于FASTASeq 300和GenoLab M腫瘤panel測序

樣本類型:基于HD832(FFPE)構(gòu)建腫瘤大Panel(TruSight Oncology 500)文庫;

測序策略:文庫分別在FASTASeq 300、GenoLab M 、NS及NV測序平臺上進(jìn)行PE150測序,抽取100M SE reads進(jìn)行分析;

測試結(jié)果:四個測序平臺對對212個體細(xì)胞高置信突變位點(diǎn)檢出率均高達(dá)98.5%以上,F(xiàn)ASTASeq 300高達(dá)99%以上;


腫瘤基因檢測


腫瘤基因檢測

測試結(jié)論:FASTASeq 300和GenoLab M的體細(xì)胞突變檢測能力表現(xiàn)優(yōu)異,且與對比平臺突變檢出結(jié)果一致性高。


基于SURFSeq 5000腫瘤panel測序

樣本類型:使用IGT TargetSeq Pan-Cancer Panel基于Twist cfDNA Pan-Cancer標(biāo)準(zhǔn)品構(gòu)建4個(0.5%、1.0%、2.0%、5.0%)腫瘤Panel文庫;

測序策略:分別使用SURFSeq 5000(SF)、NV測序平臺進(jìn)行PE150測序,抽取20 Gb數(shù)據(jù)進(jìn)行分析;

測試結(jié)果:針對SNV突變頻率在0.5%-5%的cfDNA標(biāo)準(zhǔn)品,兩平臺檢出率均達(dá)到99%以上;針對InDel突變頻率在1.0%-5%的cfDNA標(biāo)準(zhǔn)品,兩平臺檢出率在68%-90%之間;


腫瘤基因檢測


腫瘤基因檢測


腫瘤基因檢測

測試結(jié)論:通過cfDNA標(biāo)準(zhǔn)品的對比測試,SURFSeq 5000與NV平臺相比,在低頻突變檢出上表現(xiàn)優(yōu)異、穩(wěn)定。


基于SURFSeq 5000全基因組甲基化測序

樣本類型:基于GIAB HG001構(gòu)建1個WGBS文庫;

測序策略:文庫分別使用SURFSeq 5000(0%平衡文庫摻入)、NV測序平臺(與WES樣本Pooling)進(jìn)行PE150測序,抽取120 Gb數(shù)據(jù)進(jìn)行分析;

測試結(jié)果:SURFSeq 5000?Q30高達(dá)93%以上,NV平臺Q30達(dá)到88%以上;


腫瘤基因檢測


腫瘤基因檢測


腫瘤基因檢測


腫瘤基因檢測



測序結(jié)論:在不摻入平衡文庫的情況下,SURFSeq 5000在Q30、比對率、數(shù)據(jù)重復(fù)率等方面比NV平臺表現(xiàn)更優(yōu);甲基化水平分析,SURFSeq 5000表現(xiàn)出了優(yōu)秀的平臺內(nèi)重復(fù)性和平臺間一致性。


相關(guān)文獻(xiàn):

1. Systematic comparison of variant calling pipelines of target genome sequencing cross multiple next-generation sequencers[J].Frontiers in Genetics,2023.

2.?Systematic and benchmarking studies of pipelines for mammal WGBS data in the novel NGS platform[J].BMC Bioinformatics,2023.

相關(guān)推薦
法庭科學(xué)

√??刑偵破案

√??親子鑒定

√??人DNA數(shù)據(jù)庫建設(shè)


DNA證據(jù)在案件偵破中發(fā)揮了非常重要的作用,通過收集案發(fā)現(xiàn)場犯罪嫌疑人的生物材料,提取DNA并進(jìn)行比對,可以快速精準(zhǔn)的鎖定相關(guān)犯罪嫌疑人,縮小偵查范圍,提高案件的偵破效率。高通量測序技術(shù)可以一次性檢測所有司法鑒定相關(guān)位點(diǎn),高通量測序技術(shù)在案件偵破及DNA數(shù)據(jù)庫建設(shè)方面的應(yīng)用越來越突出。

法庭科學(xué)
FASTASeq 300、SURFSeq 5000將為您提供:

長讀長測序:支持單端400bp(SE400)、雙端600bp(PE300)讀長,一次性檢測相關(guān)STR、SNP、線粒體等位點(diǎn),滿足司法鑒定的需求。

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法庭科學(xué)

*Q30比例基于真邁生物長插入片段企業(yè)標(biāo)準(zhǔn)品文庫多輪測試結(jié)果中位數(shù)值設(shè)定,該數(shù)值受到樣本類型、文庫類型(尤其是插入片段長度)/質(zhì)量以 及文庫定量準(zhǔn)確性的影響。

▲測序時間包含從樣本加載至測序生成base?le文件的過程,index測序模式為8+8base。

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相關(guān)文獻(xiàn):

1.?Developmental validation of a 381 Y-chromosome SNP panel for haplogroup analysis in the Chinese populations[J]. Frontiers in Genetics, 2023.

2.?Application of Next Generation Sequencing (NGS) technology in forensic science: A review[J].GSC Biological and Pharmaceutical Sciences,2023.

相關(guān)推薦
農(nóng)業(yè)與生態(tài)環(huán)境
農(nóng)業(yè)與生態(tài)環(huán)境

√??分子育種

√??種質(zhì)資源鑒定

√??環(huán)境微生物檢測

√??物種多樣性監(jiān)測、瀕危物種監(jiān)測

√??水質(zhì)、生態(tài)環(huán)境監(jiān)測


2021年,中央全面深化改革委員會第二十次會議審議通過《種業(yè)振興行動方案》,強(qiáng)調(diào)要把種源安全提升到關(guān)系國家安全的戰(zhàn)略高度;“十四五”規(guī)劃提出,加強(qiáng)農(nóng)業(yè)良種技術(shù)攻關(guān),有序推進(jìn)生物育種產(chǎn)業(yè)化應(yīng)用;2022年,中央一號文件提出,推進(jìn)種業(yè)領(lǐng)域國家重大創(chuàng)新平臺建設(shè),啟動農(nóng)業(yè)生物育種重大項(xiàng)目二代測序儀應(yīng)用在分子育種(基因型選擇),用于抗生物及非生物逆境、產(chǎn)量提高、品質(zhì)改良以及養(yǎng)分利用效率提高等,不僅實(shí)現(xiàn)個體早期選擇,而且縮短世代間隔,極大提高了生物育種的效率。


eDNA(環(huán)境DNA)測序可在不破壞生態(tài)系統(tǒng)的情況下,通過檢測生物釋放到周圍環(huán)境中的DNA來研究生物多樣性并監(jiān)測生態(tài)系統(tǒng)的一種方法。eDNA潛在的應(yīng)用領(lǐng)域有港口監(jiān)測、生物多樣性調(diào)查、水質(zhì)檢測、土壤檢測等。eDNA測序有望成為生物監(jiān)測和環(huán)境保護(hù)的重要工具。

FASTASeq 300、GenoLab M、SURFSeq 5000將為您提供:

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應(yīng)用案例

基于SURFSeq 5000水稻分子育種的應(yīng)用

樣本類型:18個水稻樣本文庫;

測序策略:18個水稻文庫分別使用SURFSeq 5000(SF)、NV測序平臺進(jìn)行PE150測序,均按0.5G數(shù)據(jù)分析;

測試結(jié)果:兩測序平臺下機(jī)數(shù)據(jù)Q30均高達(dá)90%以上,平臺間分型一致性高達(dá)99%以上,SF平臺內(nèi)分型一致性高達(dá)99%以上;


農(nóng)業(yè)與生態(tài)環(huán)境


農(nóng)業(yè)與生態(tài)環(huán)境


農(nóng)業(yè)與生態(tài)環(huán)境

測試結(jié)論:SURFSeq 5000無論是平臺內(nèi)還是平臺間,基因分型結(jié)果高度一致,SURFSeq 5000展現(xiàn)了優(yōu)秀的測序性能。


基于GenoLab M eDNA分析

研究背景及方法:真邁生物與某環(huán)境科學(xué)研究院合作,從202010月到20211月對某供水水庫進(jìn)行跨季節(jié)取樣。研究人員在兩個取樣點(diǎn)(庫中和取水口)分別提取了泥樣和水樣,共26例樣本。樣本基于真邁生物GenoLab M高通量基因測序儀進(jìn)行宏基因組測序和分析。

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研究結(jié)果:1.水樣和泥樣的優(yōu)勢物種并不相同。泥樣中優(yōu)勢物種為錐囊藻(Dinobryon sp_LO226KS)和分歧錐囊藻(Dinobryon divergens);而水樣中優(yōu)勢物種為洋桿菌(Candidatus Fonsibacter ubiquis)和假魚腥藻(Pseudanabaena yagii);2.對水庫中抗生素耐藥性基因(ARG)進(jìn)行了深入挖掘,結(jié)果發(fā)現(xiàn)多藥耐藥基因是含量最高的ARG,泥樣中ARG的構(gòu)成比水樣中要復(fù)雜。


農(nóng)業(yè)與生態(tài)環(huán)境


研究結(jié)論:1.宏基因組測序方法可被用來特征性的分析水庫中的微生物群落組成;2.不同樣本來源(水樣和泥樣)的微生物群落構(gòu)成差異比較大;3.解析了水庫中藻類毒素基因以及抗生素耐藥性基因的分布情況。


農(nóng)業(yè)與生態(tài)環(huán)境


農(nóng)業(yè)與生態(tài)環(huán)境


真邁生物便攜式eDNA富集,搭配FASTASeq 300高通量基因測序儀將為您提供超高質(zhì)量的eDNA研究體驗(yàn)。


相關(guān)文獻(xiàn):

1. High-quality genome assembly and resequencing of modern cotton cultivars provide resources for crop improvement[J]. Nature Genetics 2021.

2.?Accurate haplotype construction and detection of selection signatures enabled by high quality pig genome sequences[J]. Nature Communications, 2023.

3. Evaluation of environmental factors and microbial community structure in an important drinking-water reservoir across seasons[J]. Frontiers in Microbiology, 2023.

4. FWAlgaeDB, an integrated genome database of freshwater algae[J].Frontiers in Environmental Science, 2023.

相關(guān)推薦
單細(xì)胞與空間組學(xué)

單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)是研究單個細(xì)胞內(nèi)基因表達(dá)水平的技術(shù)。通過分離、捕獲、反轉(zhuǎn)錄和擴(kuò)增細(xì)胞RNA,然后進(jìn)行測序和數(shù)據(jù)分析,可以獲取每個細(xì)胞的基因表達(dá)數(shù)據(jù)。單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)能夠揭示組織中的不同細(xì)胞類型及其轉(zhuǎn)錄圖譜的異質(zhì)性,識別細(xì)胞發(fā)育階段和轉(zhuǎn)錄水平變化。它的重要應(yīng)用包括分析稀有細(xì)胞類型、腫瘤發(fā)生機(jī)制、早期人類胚胎等研究。該技術(shù)為生物學(xué)和醫(yī)學(xué)領(lǐng)域提供了新視角和工具,有助于深入理解細(xì)胞間的差異和細(xì)胞發(fā)育機(jī)制。


空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)是研究生物體內(nèi)基因轉(zhuǎn)錄空間分布和調(diào)控機(jī)制的學(xué)科。通過捕獲組織或細(xì)胞中的基因表達(dá)信息,可分析基因在亞細(xì)胞結(jié)構(gòu)或組織器官中的表達(dá)差異??臻g轉(zhuǎn)錄組學(xué)涉及腫瘤、發(fā)育、疾病等領(lǐng)域,通過理解基因調(diào)控機(jī)制,為疾病診斷和治療提供新思路。

單細(xì)胞與空間組學(xué)
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單細(xì)胞與空間組學(xué)


單細(xì)胞與空間組學(xué)


基于SURFSeq 5000單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序性能分析

樣本類型:人類凍存PBMC、小鼠肝癌組織;

測序策略:分別使用SURFSeq 5000(SF)、NV平臺進(jìn)行PE150測序,每個文庫采均采用相同測序數(shù)據(jù)量進(jìn)行分析;

測試結(jié)果:測序平臺下機(jī)數(shù)據(jù)Q30?達(dá)90%左右,Clean bases ratio表現(xiàn)更優(yōu),SURFSeq 5000高達(dá)95%以上,高變基因相關(guān)性高達(dá)99%,所有基因表達(dá)量相關(guān)性達(dá)90%以上,細(xì)胞聚類高度一致;


單細(xì)胞與空間組學(xué)


單細(xì)胞與空間組學(xué)


單細(xì)胞與空間組學(xué)


單細(xì)胞與空間組學(xué)


單細(xì)胞與空間組學(xué)

測試結(jié)論:SURFSeq 5000Clean bases ratio、其各樣本獲得read數(shù)、識別細(xì)胞數(shù)以及細(xì)胞中位基因數(shù)等指標(biāo)和進(jìn)口測序平臺相比表現(xiàn)更優(yōu)。


相關(guān)文獻(xiàn):

1.?Spatial transcriptomics reveals niche-specific?enrichment and vulnerabilities of radial glial?stem-like cells in malignant gliomas[J].Nature Communications,2023.

2. A high-resolution transcriptomic and spatial atlas of cell types in the whole mouse brain[J].Nature,2023.

3. Spatially resolved transcriptomics reveals genes associated?with?the?vulnerability of?middle temporal gyrus in?Alzheimer’s disease[J].Acta Neuropathologica Communications,2022.

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