文章梗概
近日，真邁生物用戶?OncoAtlas LLC、俄羅斯科學院科爾佐夫發(fā)育生物學研究所以及莫斯科國立謝東諾夫第一醫(yī)科大學等機構在?Scientific Reports?上發(fā)表了題為“?Evaluation of blood MSI burden dynamics to trace immune checkpoint inhibitor therapy efficacy through the course of treatment?”的科研成果。該研究?基于GenoLab M平臺對連續(xù)液體活檢樣本進行panel測序?，?監(jiān)測血液中微衛(wèi)星不穩(wěn)定性的動態(tài)變化，以追蹤免疫檢查點抑制劑治療在全療程的治療效果。
背景介紹
結直腸癌（CRC）仍然是全球癌癥 死亡譜 中的主要癌種。使用免疫檢查點抑制劑 (ICI) 的免疫療法(IT) 對CRC 治療已成為一種有前途的治療手段 。 然而， ICI 僅在微衛(wèi)星不穩(wěn)定性（ MSI ）或錯配修復缺陷（ dMMR ）陽性的 CRC 中顯示出療效。在 IV 期 CRC 中， MSI 的頻率相對較低，僅為 4% ，而 在 I-III 期 中可達 10-20% ，這使得 IT 成為早期 腫瘤 治療 的首選策略。評估 MSI 和 dMMR 的標準方法是 PCR 和免疫組化（ IHC ）， 但是 在臨床 實踐 中， 這兩種方法在 MSI/dMMR 檢測 中存在一些 局限性 ： 樣本質(zhì)量不 好 可能 導致 假陰性或假陽性結果，以及兩種 檢測 方法 可能會導致結果的 差異 。 NGS 是一種新興的方法， 能適配更多的分子標記，可以通過分析循環(huán)腫瘤 DNA （ ctDNA ）中的突變動態(tài)監(jiān)測腫瘤。 基于 NGS 的液體活檢（ LB ）分析在評估腫瘤動態(tài)變化和監(jiān)測治療反應方面具有顯著優(yōu)勢 。
本研究通過監(jiān)測9名已接受 ICI治療的MSI陽性CRC患者的血液中MSI的動態(tài)變化，探索了這些變化與ICI臨床療效之間的關聯(lián)。其中，通過GenoLab M測序儀完成了腫瘤小panel（Solo-test Atlas Pro) 測序，獲知了治療前的FFPE樣本和連續(xù)的液體活檢樣本的MSI信息。
*以下為該研究成果解讀
結果概要
01?突變譜和血液MSI負荷分析?
在本次分析中， 研究人員評估了5例患者的FFPE基線樣本。其中， 4個樣本通過NGS被確定為MSI 陽性（與IHC/PCR的一致性為80% ；與PCR的一致性為 100% ）。在9個LB的基線樣本中，7例樣本呈現(xiàn)MSI 陽性。在5個可用的腫瘤 - 血漿配對樣本中， NGS檢測的MSI狀態(tài)在 80% 的樣本中保持一致。
在血液ctDNA監(jiān)測期間， 算上額外檢測到3個突變 ，突變總數(shù) 達到21個，其中12個被分類為驅動突變， 9個為乘客突變。 這些突變都是CRC的經(jīng)典突變， 如BRAF突變（圖 1 ）。
圖1 NGS分析結果
02?血液微衛(wèi)星不穩(wěn)定負荷與臨床反應的關聯(lián)?
對于能在LB樣本中檢測到血液微衛(wèi)星不穩(wěn)定（bMSI）負荷的8例患者而言，bMSI負荷的中位數(shù)為1.4%（0.01-40%），而可用的FFPE樣本中MSI負荷的中位數(shù)為29.3%（10-40%）。LB基線樣本的bMSI和FFPE樣本中檢測到的MSI負荷呈正相關（Pearson’s R 0.47）。在LB中觀察到的驅動突變的bMSI負荷與最大variant allele frequency (VAF)也呈正相關（Pearson’s R = 0.7）。
9例患者中，2例發(fā)生疾病進展或死亡，他們在檢測時間點（病例3的W2，病例9的W4），可觀察到bMSI和累積VAF的明顯增加。病例1的bMSI和VAFs在W2和W4時期有所增加，在治療的第154天（F1點）急劇下降至零值，這與臨床上觀察到的IHC治療后的部分緩解（PR）一致。盡管病例7沒有觀察到bMSI和驅動突變的VAF減少，但患者經(jīng)放射學和病理學檢測后，表明ICI治療后完全緩解（CR）。在病例5、6、8中，觀察到bMSI和VAF都減少至零值，這與病理學檢測到的IHC治療后完全緩解（pCR）一致。總體而言，達到CR、PR或穩(wěn)定病況（SD）的患者，在隨訪時bMSI負擔已基本檢測不到。
圖2 患者連續(xù)血漿樣本中驅動突變的最大VAF和bMSI負荷的動態(tài)變化
為了評估ctDNA監(jiān)測的動態(tài)變化與放射反應的相關性，研究人員進行了列聯(lián)表分析，選擇間隔1-3個月進行的成對計算機斷層掃描（CT）結果進行分析，并將CT結果的變化分為5類：“增加超過20%”、“增加不到20%”、“無變化”、“減少不到20%”、“減少超過20%”。對于每對中的第二個CT結果，選擇了在-3/+4周內(nèi)最接近的ctDNA進行分析。ctDNA分析的結果，同樣被分為5類：“增加超過50%”、“增加不到50%”、“無變化”、“減少不到50%”、“減少超過50%”。在這里，“無變化”被定義為變化小于20%，或者對于bMSI來說，絕對變化小于0.1。費舍爾精確檢驗顯示CT和ctDNA結果之間不存在統(tǒng)計學上的顯著關聯(lián)（圖3）。
圖3 將腫瘤體積的放射學變化與血液中MSI評分和VAFs的變化相關聯(lián)。如果CT和ctDNA參數(shù)的動態(tài)變化一致，則在表格的相應單元格中加一分。使用了以下ctDNA參數(shù)：bMSI、所有變異的累積VAF、致癌變異的最大VAF、所有致癌變異的累積VAF。
結論
1.? 本研究描述了bMSI動態(tài)變化與抗PD-1免疫療法反應之間關系的初步數(shù)據(jù)；
2.? ctDNA分析能夠準確檢測bMSI，這與觀察到的突變的VAF高度一致；
3.? 盡管與VAF分析不同，bMSI動態(tài)變化在所有病例中都與放射學評估結果一致；
4.?研究 結果為 bMSI 作為 MSI 陽性患者 ICI 療效 預測 的 生物標志物的進一步驗證提供了理論依據(jù)。
參考文獻
Veselovsky E, Lebedeva A, Kuznetsova O, et al. Evaluation of blood MSI burden dynamics to trace immune checkpoint inhibitor therapy efficacy through the course of treatment[J]. Scientific Reports, 2024, 14(1): 23454.