近日，莫斯科臨床科學中心、莫斯科高級研究中心和俄羅斯聯(lián)邦創(chuàng)新研究中心的科學家們在International Journal of Molecular Sciences上發(fā)表了題為“Pancreatic Neuroendocrine Tumor: The Case Report of a Patient with Germline FANCD2 Mutation and Tumor Analysis Using Single-Cell RNA Sequencing”的研究成果。該研究基于真邁生物SURFSeq 5000測序平臺，對1例非功能性胰腺神經內分泌腫瘤患者，進行了全外顯子和單細胞轉錄組測序與分析。研究者確認了胚系突變FANCD2的存在，并檢測到新的胚系突變WNT10A。而單細胞測序識別了主要的細胞簇，包括腫瘤相關的細胞簇?；诖耍颊呓邮芰送饪浦委?。
胰腺神經內分泌腫瘤（Pancreatic Neuroendocrine Tumor，PanNENs）是一類起源于神經內分泌細胞的罕見腫瘤，占所有胰腺腫瘤的1-2%。根據激素分泌情況，PanNENs分為功能性和非功能性兩類。非功能性PanNETs約占60-90%。這些腫瘤進一步被分類為分化良好的神經內分泌瘤（NETs）和分化差的神經內分泌癌（NECs）。近年來，隨著高精尖影像技術的應用，小尺寸（≤2cm）非功能性PanNETs的檢出率有所提高。盡管如此，這些腫瘤的預后和進展缺乏特異性標志物。本研究關注攜帶胚系FANCD2突變的PanNET患者，探討其臨床特征和腫瘤基因組學。
患者D，女性，66歲，自2021年12月以來感到上腹部不適。在當?shù)亻T診進行檢查時，通過胃鏡發(fā)現(xiàn)了糜爛性胃炎。后被診斷為胰腺體部的非功能性神經內分泌腫瘤（NETs）。診斷的合并癥包括1級、1期動脈高血壓、慢性淺表性胃炎和食管裂孔疝。腫瘤在組織學上呈現(xiàn)小梁狀和類腺樣（假腺體）結構。收集的腫瘤組織樣本的一部分用于制備單細胞懸液，完成5′ 10× Genomics的單細胞RNA測序（scRNA-seq）。為了進一步評估胚系FANCD2和WNT10A突變對腫瘤的影響，對患者的腫瘤樣本進行了全外顯子組測序（WES）。
圖1 文章概要圖
為了更精確地定義腫瘤微環(huán)境的細胞組成模式，研究者將已發(fā)表的四個PanNET樣本的scRNA-seq數(shù)據與本案例做了整合（圖2A）。在完成批次校正后，合并的細胞群包含了來自不同樣本的細胞（圖2B）。研究者基于已知的marker基因，繪制了各個細胞亞群中表達量的分布圖（圖2C）。通過整合已發(fā)表的數(shù)據，研究者將T細胞和NK細胞細分為CD4+?T細胞、CD8+?T細胞和NK細胞，并識別了內皮細胞/成纖維細胞群體，盡管這些細胞在患者樣本中并未被檢測到（圖2D）。
圖2 患者腫瘤組織scRNA整合數(shù)據庫4例樣本數(shù)據的結果
總體而言，研究發(fā)現(xiàn)所有樣本中不同細胞類型的比例相似。然而，由于實驗設計中存在CD45陽性細胞富集步驟，這使得已發(fā)表的scRNA-seq數(shù)據中腫瘤的基質細胞比例相對較高。為明確FANCD2和WNT10A這兩個基因的胚系突變與臨床表型之間的關聯(lián)，例如它們對治療的反應和預后的影響，以及腫瘤分子水平的變化，需要收集一組攜帶這些基因變異的患者樣本。目前，關于PanNETs的已發(fā)表數(shù)據量有限，這限制了更復雜的分析；不過，本研究提供的scRNA-seq數(shù)據和腫瘤樣本的基本特征分析結果，將有效促進未來研究的發(fā)展。
圖3 患者腫瘤組織樣本的WES測序結果
患者的腫瘤突變負擔（TMB）為2.05次突變/Mb。雖然這個速率通常被認為是低TMB，但對于PanNET而言，這一數(shù)值相對較高，因為PanNET的平均TMB為0.82（0.04–4.56）突變/Mb或更低。這種較高的TMB這可能與FANCD2突變導致的DNA修復功能受損有關。此外，通過對樣本的突變譜進行COSMIC突變特征分析，發(fā)現(xiàn)存在與堿基切除修復缺陷相關的SBS30特征（圖3B）。目前，已知FANCD2被證明與DNA交聯(lián)修復相關，而在PanNET中，FANCD2的損傷可能對堿基切除修復機制（BER）的影響更為顯著。值得注意的是，該腫瘤還表現(xiàn)出MUTYH的缺失（4個拷貝中有2個缺失）。此前有研究指出，MUTYH的缺失與BER缺陷相關，這可能是觀察到BER缺陷特征存在的另一種解釋。
基因FANCD2在腫瘤中的作用可能是雙重的，既與多種腫瘤的發(fā)生有關，又在某些情況下與腫瘤的不良預后相關。本病例中，FANCD2突變可能促進了腫瘤的發(fā)展和侵襲性，提示針對FANCD2突變的PanNET患者，個性化治療策略的選擇可能需要考慮這一基因變異。此外，FANCD2突變的存在可能使患者對PARP抑制劑治療敏感，為未來治療提供了新方向。
Avsievich E, Salimgereeva D, Maluchenko A, et al. Pancreatic Neuroendocrine Tumor: The Case Report of a Patient with Germline FANCD2 Mutation and Tumor Analysis Using Single-Cell RNA Sequencing[J]. Journal of Clinical Medicine, 2024, 13(24): 7621.