2020年10月，真邁生物重磅發(fā)布了高通量基因測(cè)序平臺(tái) GenoLab M，GenoLab M上市一年來(lái)，其憑借精準(zhǔn)高效、靈活開(kāi)放的產(chǎn)品特點(diǎn)，已被應(yīng)用于基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)研究和腫瘤基因檢測(cè)領(lǐng)域。

2021年11月，真邁生物公開(kāi)了GenoLab M以及其配套測(cè)序試劑盒（FCM 300cycles）在生殖細(xì)胞突變檢測(cè)應(yīng)用方向的測(cè)試數(shù)據(jù)（點(diǎn)擊查看），那么它在體細(xì)胞突變檢測(cè)上的表現(xiàn)如何？今天我們?yōu)榇蠹規(guī)?lái)了該平臺(tái)詳細(xì)的測(cè)試報(bào)告。本次測(cè)試我們?nèi)砸訬ovaSeq（S4）和NextSeq（High-Output）為對(duì)比平臺(tái)，較為全面的評(píng)估了GenoLab M以及其配套測(cè)序試劑盒 （300 cycles）在腫瘤體細(xì)胞突變檢測(cè)應(yīng)用上的綜合性能表現(xiàn)。

測(cè)試報(bào)告顯示真邁生物高通量測(cè)序平臺(tái)GenoLab M以及其配套測(cè)序試劑盒（300 cycles）在測(cè)序數(shù)據(jù)質(zhì)量、數(shù)據(jù)有效率、突變檢出能力上表現(xiàn)優(yōu)異、穩(wěn)定，突變檢出結(jié)果與對(duì)比平臺(tái)一致性好。

01 測(cè)試方案介紹

測(cè)試用樣本：腫瘤FFPE樣本（Horizon Discovery HD832）

測(cè)試用Panel：商業(yè)化腫瘤大Panel（Panel size：~2Mb，涵蓋關(guān)鍵腫瘤相關(guān)通路基因500+）

測(cè)試用平臺(tái)：GenoLab M（FCM PE150）、NovaSeq（S4 PE150）、NextSeq（High-Output PE150）

測(cè)試實(shí)驗(yàn)：基于HD832使用商業(yè)化腫瘤大Panel試劑盒完成1個(gè)文庫(kù)的構(gòu)建工作，該文庫(kù)（下文稱為“HD832文庫(kù)”）分別在GenoLab M、NovaSeq、NextSeq測(cè)序平臺(tái)上機(jī)測(cè)試

數(shù)據(jù)量要求：25Gb raw data/樣本

圖表1 測(cè)試方案

02測(cè)試結(jié)果

測(cè)序質(zhì)量表現(xiàn)優(yōu)異、穩(wěn)定

基于GenoLab M以及其配套測(cè)序試劑盒（FCM 300cycles）產(chǎn)出的3份Raw data的Q20均大于94%，Q30均大于85%，clean reads/raw reads比值平均大于0.9，測(cè)序質(zhì)量表現(xiàn)優(yōu)異、穩(wěn)定。

圖表2 GenoLab M、NovaSeq和NextSeq平臺(tái)HD832文庫(kù)測(cè)序質(zhì)量表現(xiàn)

基因組目標(biāo)區(qū)域覆蓋均一性好、數(shù)據(jù)有效率高

將GenoLab M、NovaSeq、NextSeq的7組測(cè)試數(shù)據(jù)比對(duì)到參考基因組上，統(tǒng)計(jì)基因組比對(duì)率、唯一比對(duì)率、重復(fù)序列比例、目標(biāo)區(qū)域捕獲效率、目標(biāo)區(qū)域≥1X、10X、100X、500X比例等指標(biāo)，如圖表3所示，GenoLab M 以及其配套測(cè)序試劑盒（FCM 300cycles）的測(cè)序數(shù)據(jù)在基因組目標(biāo)區(qū)域覆蓋均一性的表現(xiàn)上與NovaSeq、NextSeq一致，且在數(shù)據(jù)有效率方面表現(xiàn)更優(yōu)。

圖表3 GenoLab M、NovaSeq和NextSeq平臺(tái) HD832文庫(kù)測(cè)試數(shù)據(jù)基因組比對(duì)結(jié)果統(tǒng)計(jì)

變異檢出能力表現(xiàn)優(yōu)異

如圖表4所示，本次測(cè)試采用的腫瘤FFPE標(biāo)準(zhǔn)品（HD832）擁有高置信的突變集合，該集合共包含386個(gè)經(jīng)NGS和/或ddPCR驗(yàn)證的突變位點(diǎn)。測(cè)試使用的腫瘤大Panel試劑盒理論上可覆蓋其中212個(gè)突變位點(diǎn)。因此本次測(cè)試我們基于212突變位點(diǎn)的檢出情況來(lái)評(píng)估GenoLab M以及其配套測(cè)序試劑盒（300 cycles）的變異檢出能力。

圖表4 HD832高置信變異集合情況

25個(gè)ddPCR驗(yàn)證位點(diǎn)檢出情況：

圖表5 25個(gè)ddPCR驗(yàn)證位點(diǎn)檢出情況

低頻突變（AF<10%）的檢出情況：

圖表6 低頻突變位點(diǎn)（AF<10%）檢出情況

212個(gè)突變位點(diǎn)檢出情況：

圖表7 212個(gè)突變位點(diǎn)檢出情況

檢測(cè)結(jié)果一致性評(píng)估：

圖表8 檢測(cè)結(jié)果一致性評(píng)估

左圖：GenoLab M、NovaSeq、NextSeq 7組測(cè)試數(shù)據(jù)等位基因突變頻率檢出結(jié)果與7組數(shù)據(jù)均值的一致性評(píng)估

右圖：GenoLab M測(cè)試數(shù)據(jù)等位基因突變頻率檢出結(jié)果均值與NovaSeq&NextSeq均值的一致性評(píng)估

綜合上述測(cè)試結(jié)果，GenoLab M以及其配套測(cè)序試劑盒（300cycles）在測(cè)序數(shù)據(jù)質(zhì)量、數(shù)據(jù)有效率、突變檢出能力上表現(xiàn)優(yōu)異、穩(wěn)定，突變檢測(cè)結(jié)果與NovaSeq、NextSeq平臺(tái)一致性好。

后續(xù)真邁生物將發(fā)布更多GenoLab M以及其配套測(cè)序試劑盒在其他應(yīng)用方向上的測(cè)試對(duì)比數(shù)據(jù)，敬請(qǐng)期待。

03 關(guān)于GenoLab M