近日，真邁生物和達(dá)普生物強(qiáng)強(qiáng)合作，聯(lián)合發(fā)布GenoLab M基因測(cè)序儀檢測(cè)臨床腫瘤單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組樣本的評(píng)測(cè)數(shù)據(jù)。
本次測(cè)評(píng)基于達(dá)普Galaxy星海單細(xì)胞測(cè)序建庫(kù)系統(tǒng)完成兩類臨床腫瘤單細(xì)胞的轉(zhuǎn)錄組文庫(kù)制備，制備好的文庫(kù)由達(dá)普生物分別在GenoLab M和NovaSeq 6000上進(jìn)行測(cè)序，測(cè)序數(shù)據(jù)分析表明，GenoLab M 表現(xiàn)優(yōu)異，與對(duì)比平臺(tái)檢測(cè)出的單細(xì)胞UMI水平、細(xì)胞聚類、同基因表達(dá)量結(jié)果高度一致。
01 實(shí)驗(yàn)方案
1. 測(cè)試用樣本：兩種不同腫瘤組織制備而成的單細(xì)胞懸濁液；
2. 單細(xì)胞建庫(kù)系統(tǒng)：文庫(kù)制備試劑：星海單細(xì)胞 3' 轉(zhuǎn)錄組測(cè)序建庫(kù)試劑盒（Galaxy Single Cell 3' mRNA Kit v1.0)；文庫(kù)制備平臺(tái)：星海單細(xì)胞建庫(kù)系統(tǒng)(Galaxy Single Cell ?Analysis System）；
3. 測(cè)試平臺(tái)：GenoLab M、NovaSeq 6000；
4. 測(cè)試實(shí)驗(yàn)：使用達(dá)普生物星海單細(xì)胞建庫(kù)系統(tǒng)與3' 轉(zhuǎn)錄組測(cè)序建庫(kù)試劑盒對(duì)兩種不同腫瘤組織解離后得到單細(xì)胞懸濁液進(jìn)行單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序文庫(kù)制備（下文簡(jiǎn)稱S1、S2）。構(gòu)建好的文庫(kù)分別在GenoLab M、NovaSeq 6000測(cè)序平臺(tái)上進(jìn)行測(cè)序。
02 測(cè)試結(jié)果
GenoLab M 測(cè)試結(jié)果與對(duì)比平臺(tái)一致性高
對(duì)GenoLab M和NovaSeq 6000測(cè)序數(shù)據(jù)進(jìn)行分析，S1和S2樣本在兩平臺(tái)檢測(cè)細(xì)胞UMI水平、細(xì)胞聚類、同基因的表達(dá)量等結(jié)果高度一致（圖1~3）。
圖1 細(xì)胞UMI分析結(jié)果
（左：S1；右：S2）
●Single-cell clustering 對(duì)比
?S1：
?S2：
圖2 細(xì)胞聚類分析
●Barcode assignment 對(duì)比
? ? S1：
? ? S2：
圖3 同一cell barcode 的 UMI及基因數(shù)對(duì)比分析的表達(dá)量
03 產(chǎn)品介紹
達(dá)普Galaxy星海單細(xì)胞建庫(kù)系統(tǒng)
1）性能優(yōu)：可一次性完成數(shù)百至數(shù)萬(wàn)個(gè)細(xì)胞的分離，基因檢測(cè)靈敏度高；
2）上樣活：1-4 通道，可靈活選擇樣本數(shù)及細(xì)胞數(shù)量，方便快捷；
3）兼容好：文庫(kù)兼容 GenoLab M 和 NovaSeq 6000?等測(cè)序平臺(tái)；
4）分析全：自主開(kāi)發(fā)的StarScope 生信分析軟件可完成分析報(bào)告的輸出；
5）流程活：可接駁下游流程?，如單液滴分選。
04 總結(jié)
基于達(dá)普Galaxy星海單細(xì)胞建庫(kù)系統(tǒng)構(gòu)建兩類腫瘤單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組文庫(kù)在GenoLab M進(jìn)行測(cè)序，數(shù)據(jù)分析結(jié)果表明細(xì)胞UMI水平、細(xì)胞聚類、同基因的表達(dá)量與對(duì)比平臺(tái)一致性高，能夠極佳地滿足科研以及臨床對(duì)于單細(xì)胞測(cè)序需求。
GenoLab M基因測(cè)序平臺(tái)與達(dá)普Galaxy星海單細(xì)胞建庫(kù)系統(tǒng)均為全流程自主研發(fā)的國(guó)產(chǎn)化平臺(tái)，利用雙方平臺(tái)靈活上樣、高性價(jià)比等優(yōu)勢(shì)，能大大縮短單細(xì)胞測(cè)序周期，全面提高效率并降低測(cè)序成本，為臨床應(yīng)用提供從單細(xì)胞到數(shù)據(jù)結(jié)果的全流程解決方案。同時(shí)助力單細(xì)胞多組學(xué)科研普及化和轉(zhuǎn)化單細(xì)胞多組學(xué)研究在臨床中的應(yīng)用。在未來(lái)，雙方將進(jìn)一步深化合作，解決單細(xì)胞測(cè)序在臨床與醫(yī)學(xué)轉(zhuǎn)化中的“卡脖子”技術(shù)，為科研用戶及臨床工作者提供高質(zhì)量、高性價(jià)比的單細(xì)胞測(cè)序全流程解決方案。