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SURFSeq 5000 雙模Q40強力開啟測序錯誤率“萬五時代”!
時間:
2024-03-14
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?2023年9月上市以來,SURFSeq 5000高通量基因測序儀憑借“應(yīng)用場景多、測序速度快、數(shù)據(jù)質(zhì)量好、運行成本省”的產(chǎn)品優(yōu)勢和穩(wěn)定的性能表現(xiàn)快速獲得了臨床診斷、分子育種、基礎(chǔ)科研等多領(lǐng)域用戶的高度認可。


在“多、快、好、省”中,“數(shù)據(jù)質(zhì)量好”是重中之重,SURFSeq? 5000 V1.0全系測序試劑盒(FCM、FCH)現(xiàn)均已支持Balanced+Enhanced雙模式Q40(≥85%/≥90%)高質(zhì)量數(shù)據(jù)輸出。



SURFSeq 5000 雙模Q40強力開啟測序錯誤率“萬五時代”!


Enhanced模式下,與市面其他Q40測序產(chǎn)品相比,SURFSeq 5000整體測序錯誤率減少60%以 上,低至0.05%級別,強力開啟測序錯誤率的"萬五時代"。



01

雙模式Q40高質(zhì)量數(shù)據(jù)輸出

SURFSeq 5000為用戶提供Balanced Mode(BM,均衡模式)和Enhanced Mode(EM,增強模式)兩大Q40測序模式。

??在Balanced Mode下,SURFSeq 5000可實現(xiàn)≥90% bases≥Q30,≥85% bases≥Q40。

??在Enhanced Mode下,SURFSeq 5000可實現(xiàn)≥95% bases≥Q30,≥90% bases≥Q40。


SURFSeq 5000 雙模Q40強力開啟測序錯誤率“萬五時代”!

*Q30/Q40%基于真邁?物企業(yè)標準品文庫多輪測試結(jié)果的中位數(shù)值設(shè)定,該數(shù)值受到樣本狀態(tài)、?庫質(zhì)量和定量準確性等因素的影響而發(fā)生變化。


SURFSeq 5000 雙模Q40強力開啟測序錯誤率“萬五時代”!

??Balanced Mode是平衡數(shù)據(jù)質(zhì)量和芯片利用率的最優(yōu)解。在該模式下,我們統(tǒng)計了近3個?,SURFSeq 5000FCH芯片7大類應(yīng)用方向共116輪的測試數(shù)據(jù)。其中100輪Balanced Mode PE150測序數(shù)據(jù)的Q30、Q40均值達分別達到了95.1%和91.3%,Output reads均值達到了2500M reads(官標2000M reads)。


??全新的Enhanced Mode在Balanced Mode的基礎(chǔ)上,加入了基于機器學習構(gòu)建的序列特征模型等多維信息,全新的“3D Basecall”可更全面的識別測序過程中的“問題序列區(qū)域”,并更準確地進行堿基識別和Q值打分。統(tǒng)計16輪Enhanced Mode下WGS PE150測序數(shù)據(jù),Q30、Q40均值達分別達到了97.1%和95.2%,Output reads均值達到了2350M reads。


SURFSeq 5000 雙模Q40強力開啟測序錯誤率“萬五時代”!

*在數(shù)據(jù)產(chǎn)量Output reads方面,Enhanced Mode相比Balanced Mode會有5%±2%水平的降低(該差異平依據(jù)為“對相同原始圖像分別使用兩種模式下basecall算法獲得的數(shù)據(jù)差值”),降低比例受到樣本狀態(tài)、文庫構(gòu)建方式及質(zhì)量和文庫定量精準度等因素影響。



02

SURFSeq 5000 開啟"萬五時代"

SURFSeq 5000為雙芯片平臺,并?持異步滾動上機和分lane樣本加載功能。如下表所示,我們采用了雙FCH芯片在同?臺機器上同時開展Enhanced Mode和Balanced Mode測試。其中Lane1、Lane2加載E.coli全基因組文庫樣本(PCR-plus),Lane3、Lane4加載GIAB HG001人全基因組?庫樣本(PCR-plus)。



SURFSeq 5000 雙模Q40強力開啟測序錯誤率“萬五時代”!

*GIAB HG001測序錯誤率使?BWA MEM對比至GRCh37參考基因組(NIST V4.2.1)計算獲得,因受參考基因組質(zhì)量及對比軟件性能影響,HG001測序錯誤率數(shù)值中包含了較高比例的序列比對錯誤(非測序錯誤)。



SURFSeq 5000 雙模Q40強力開啟測序錯誤率“萬五時代”!

如上圖所示,Enhanced Mode下,PE150測序數(shù)據(jù)整體錯誤率相比Balanced Mode下降了50~60%,低至0.05%級別。Q30 /Q40 均值高達97.6%/96.0%。




03

Q值打分體系精準性評估

使用Q/Q圖對SURFSeq 5000 Q值打分體系精準性進行評估,Balanced Mode和Enhanced Mode雙模式下Predicted Q Score(x)和Observed Q Score(y)均展現(xiàn)出優(yōu)秀的?致性。




SURFSeq 5000 雙模Q40強力開啟測序錯誤率“萬五時代”!



SURFSeq 5000 雙模Q40強力開啟測序錯誤率“萬五時代”!

上圖展示了目前部分主流測序平臺測序整體錯誤率表現(xiàn)情況,其中SURFSeq 5000 Balanced Mode與NovaSeq X(Q40升級后) 表現(xiàn)相當。在Enhanced Mode下,SURFSeq 5000整體測序錯誤率下降60%以上,低至0.05%級別,強力開啟測序錯誤率的“萬五時代”。


SURFSeq 5000 雙模Q40強力開啟測序錯誤率“萬五時代”!

*基于E.coli進行計算?

▲基于NovaSeq X Software V1.2 Q40升級版本測試


SURFSeq 5000 Balanced Mode(≥85%Q40)和Enhanced Mode(≥90% Q40)為用戶提供了更多選擇?!叭f五時代”將快速推動以“超低頻突變精準檢出”為代表的應(yīng)用進入發(fā)展快車道,真邁生物期待與各領(lǐng)域合作伙伴在“萬五時代”?同探索基因測序技術(shù)的無限可能。




04

雙模式Demo數(shù)據(jù)下載

如需獲取SURFSeq 5000雙模Q40 Demo數(shù)據(jù),可關(guān)注“真邁生物”官方公眾號,并在對話框回復(fù)關(guān)鍵詞“萬五時代”獲取下載鏈接。


關(guān)于測序數(shù)據(jù)錯誤率計算的補充說明







SURFSeq 5000 雙模Q40強力開啟測序錯誤率“萬五時代”!

如上表所示,Q40對應(yīng)的測序錯誤率在0.01%級別,但在應(yīng)用端投入分析流程的是包含了Q40在內(nèi)的所有Q值堿基(例如Q0~40)的測序數(shù)據(jù),所以測序數(shù)據(jù)錯誤率是基于各Q值堿基錯誤率及依據(jù)堿基占比加權(quán)計算得出。計算公式如下:

Error?rate=Q1error×Q1%+Q2error×Q2%+.......+Q40error×Q40%

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