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全面兼容丨真邁生物SURFSeq 5000在百邁客百創(chuàng)空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)芯片兼容性測(cè)試中表現(xiàn)優(yōu)異
時(shí)間:
2024-05-14
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空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù),憑借成像、生物標(biāo)記、測(cè)序及生物信息學(xué)等工具,精確定位組織切片中的基因表達(dá),已成為研究細(xì)胞類型結(jié)構(gòu)、分化狀態(tài)、細(xì)胞間互作及疾病發(fā)育機(jī)制的關(guān)鍵手段。該技術(shù)屢獲殊榮,如2023年入選未來(lái)十大影響世界技術(shù),2022年榮登Nature七大矚目技術(shù),2020年斬獲Nature Methods年度技術(shù)方法。展望未來(lái),空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)無(wú)疑將引領(lǐng)科研新潮流。


近日,百邁客生物使用自主開(kāi)發(fā)的空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)產(chǎn)品百創(chuàng)S1000,基于真邁生物SURFSeq 5000高通量基因測(cè)序平臺(tái)進(jìn)行兼容性測(cè)試。結(jié)果顯示在基因組唯一比對(duì)率,轉(zhuǎn)錄本比對(duì)率,中位基因數(shù)等各項(xiàng)指標(biāo)上都表現(xiàn)出色,展現(xiàn)出SURFSeq 5000高通量基因測(cè)序平臺(tái)與百創(chuàng)S1000空間轉(zhuǎn)率組芯片的良好兼容性。


【測(cè)試方案】
  • 物種信息:小鼠(1例),昆蟲(2例)

  • 測(cè)序策略:真邁生物SURFSeq 5000,PE150

  • 分析軟件:BSTMatrix


【測(cè)試結(jié)果】

(1)測(cè)序數(shù)據(jù)質(zhì)量表現(xiàn)優(yōu)異

全面兼容丨真邁生物 SURFSeq 5000 在百邁克百創(chuàng)空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)芯片兼容性測(cè)試中表現(xiàn)優(yōu)異

全面兼容丨真邁生物SURFSeq 5000在百邁客百創(chuàng)空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)芯片兼容性測(cè)試中表現(xiàn)優(yōu)異



(2)空間重要參數(shù)表現(xiàn)出色

全面兼容丨真邁生物 SURFSeq 5000 在百邁克百創(chuàng)空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)芯片兼容性測(cè)試中表現(xiàn)優(yōu)異

全面兼容丨真邁生物SURFSeq 5000在百邁客百創(chuàng)空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)芯片兼容性測(cè)試中表現(xiàn)優(yōu)異


測(cè)試數(shù)據(jù)顯著表明,SURFSeq 5000測(cè)序平臺(tái)和百創(chuàng)S1000在空間聚類上展現(xiàn)出良好的性能表現(xiàn)。



(3)空間聚類展現(xiàn)出卓越解析度

全面兼容丨真邁生物 SURFSeq 5000 在百邁克百創(chuàng)空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)芯片兼容性測(cè)試中表現(xiàn)優(yōu)異

在針對(duì)中腦的單細(xì)胞級(jí)空間聚類分析中,即便在數(shù)據(jù)不飽和的條件下,使用SURFSeq 5000測(cè)序平臺(tái)進(jìn)行測(cè)序仍然展現(xiàn)出卓越的解析度,這一結(jié)果再次驗(yàn)證了SURFSeq 5000測(cè)序平臺(tái)和百創(chuàng)S1000兼容性方面的出色性能。


全面兼容丨真邁生物SURFSeq 5000在百邁客百創(chuàng)空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)芯片兼容性測(cè)試中表現(xiàn)優(yōu)異


【性能進(jìn)一步釋放】

為了深入驗(yàn)證百創(chuàng)S1000在更高測(cè)序數(shù)據(jù)量上的性能表現(xiàn),研究人員隨機(jī)選取了BMK_ST_9(鼠腦)樣本在SURFSeq 5000測(cè)序平臺(tái)上進(jìn)行了數(shù)據(jù)加測(cè)(Nnumber?of ?Rreads:5,094,460,583)。經(jīng)過(guò)詳盡分析發(fā)現(xiàn),無(wú)論在任何分辨率下,這些數(shù)據(jù)均展現(xiàn)出卓越的空間解析能力,進(jìn)一步確認(rèn)了SURFSeq 5000測(cè)序平臺(tái)與百創(chuàng)S1000卓越的兼容性和性能表現(xiàn)。


(1)百創(chuàng)空間多級(jí)分辨率結(jié)果

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百創(chuàng)S1000基于SURFSeq 5000測(cè)序平臺(tái)的多級(jí)分辨率統(tǒng)計(jì)表

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百創(chuàng)S1000基于SURFSeq 5000測(cè)序平臺(tái)的多級(jí)分辨率部分聚類圖



(2)“三片合一”實(shí)現(xiàn)細(xì)胞分割

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基于原片無(wú)錯(cuò)高清H&E+原片無(wú)錯(cuò)熒光+原片高通量測(cè)序,“三片合一”對(duì)樣本數(shù)據(jù)進(jìn)行了細(xì)胞分割分析,一共切出了68,279個(gè)細(xì)胞,單細(xì)胞級(jí)分辨率下中位基因數(shù)高達(dá)2,625,中位UMI數(shù)達(dá)6,631,全局下聚類得到28類cluster,數(shù)據(jù)表現(xiàn)處于領(lǐng)先水平。


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本次測(cè)試展示了真邁生物SURFSeq 5000高通量基因測(cè)序平臺(tái)與百邁客生物百創(chuàng)S1000空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)產(chǎn)品組合應(yīng)用的優(yōu)秀性能。真邁生物期待與行業(yè)內(nèi)合作伙伴共同打造基因測(cè)序平臺(tái)應(yīng)用生態(tài)聯(lián)盟,充分發(fā)揮和利用各方優(yōu)勢(shì),為廣大用戶提供全流程、最全面的解決方案。


真邁生物SURFSeq 5000

SURFSeq 5000高通量基因測(cè)序平臺(tái)應(yīng)用廣泛,速度快,質(zhì)量?jī)?yōu),成本省。它以桌面儀器成本、小樣本數(shù)量開(kāi)機(jī)成本實(shí)現(xiàn)了與大型機(jī)器相媲美的高通量測(cè)序價(jià)格。真邁生物致力于持續(xù)滿足行業(yè)對(duì)測(cè)序優(yōu)化的需求,與合作伙伴深度合作,為前沿科研探索和精準(zhǔn)醫(yī)療提供強(qiáng)有力的支持。


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百創(chuàng)S系列空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)產(chǎn)品

創(chuàng)S系列空間轉(zhuǎn)錄學(xué)芯片已正式發(fā)布三款:百創(chuàng)S1000(per spot2.5μm,分辨率4.8μm,區(qū)域6.8mm*6.8mm),百創(chuàng)S2000(per spot2.5μm,分辨率4.8μm,區(qū)域11mm*11mm、15mm*20mm)以及最新的百創(chuàng)S3000(per spot2.5μm,分辨率3.5μm,區(qū)域6.8mm*6.8mm),相較于現(xiàn)在廣受市場(chǎng)認(rèn)可與好評(píng)的百創(chuàng)S1000轉(zhuǎn)錄組學(xué)芯片,百創(chuàng)S3000捕獲位點(diǎn)數(shù)提升近2倍,分辨率同樣提升近2倍,相同的測(cè)序飽和度下,單細(xì)胞級(jí)別分辨率下中位UMI提升了30%~70%,中位基因數(shù)提升30%-60%。并基于此,開(kāi)發(fā)出了百創(chuàng)自己的專利技術(shù),可以通過(guò)完全無(wú)錯(cuò)的原片高清明場(chǎng)圖像 + 與明場(chǎng)圖像完全對(duì)齊的原片熒光圖像 + 原片高通量測(cè)序,“三片合一”進(jìn)行精準(zhǔn)的細(xì)胞分割,為科研工作者提供了前所未有的研究視角。


全面兼容丨真邁生物SURFSeq 5000在百邁客百創(chuàng)空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)芯片兼容性測(cè)試中表現(xiàn)優(yōu)異

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