01?RNA-seq分析發(fā)現(xiàn)蘆葦鹽脅迫相關(guān)基因
由于不同潮位的蘆葦群體在耐鹽性方面存在顯著差異,研究人員利用轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)解析蘆葦?shù)哪望}機制。首先,過濾掉FPKM值小于20的低表達基因后,共獲得57,163個基因,基于0~10厘米和10~20厘米土層的土壤鹽濃度,使用WGCNA對這些基因模塊進行了相關(guān)性分析,最終篩選出三個相關(guān)模塊(棕色、深色和深橙色)。在這三個模塊中,共有1070個基因被識別為與耐鹽性相關(guān)的hub基因。進一步的GO和通路富集分析表明,這些基因顯著富集于與內(nèi)質(zhì)網(wǎng)和鹽脅迫反應(yīng)相關(guān)的通路中,表明它們在調(diào)節(jié)蘆葦?shù)哪望}機制中發(fā)揮著重要作用。
圖1?鹽脅迫相關(guān)核心基因集篩選
02?生長退化核心基因集篩選
當斑塊植被退化時,生物量、覆蓋度、結(jié)構(gòu)和物種多樣性等植被指標會發(fā)生顯著變化,這些變化與特定的核心基因有關(guān)。因此,該研究首先鑒定出三個基因模塊(白色、深綠松色和淡綠松色)與生長退化顯著相關(guān)。然后,將E組作為對照,與其他7個組進行比較,鑒定出7個差異表達基因集。這些基因集的交集包括117個上調(diào)基因和83個下調(diào)基因(圖2A)。與WGCNA分析結(jié)果取交集共鑒定出25個共有基因(圖2B),所有這些基因在E組中高表達(圖2C)。通過構(gòu)建相關(guān)網(wǎng)絡(luò),探討了這些基因?qū)χ参锷L和退化的影響,發(fā)現(xiàn)它們與鐵死亡等GO term之間有顯著關(guān)聯(lián)(圖2D)。
圖2?增長退化核心基因集篩選
03?探究鹽脅迫與面積增長退化之間的關(guān)系
E組是一種特殊的蘆葦種群,耐鹽,生長在低潮灘,經(jīng)歷鐵死亡,并陷入退化狀態(tài)。這引起了研究人員對耐鹽性和鐵死亡之間關(guān)系的興趣。105個耐鹽相關(guān)基因和25個生長退化相關(guān)基因構(gòu)建了一個相關(guān)網(wǎng)絡(luò)(圖3A)?;騇STRG.45636和MSTRG.77624是復(fù)雜關(guān)聯(lián)網(wǎng)絡(luò)中的中心環(huán)節(jié)。為了進一步了解鐵死亡和耐鹽之間的交叉聯(lián)系,研究者選擇了與鐵死亡和耐鹽性相關(guān)的基因來構(gòu)建網(wǎng)絡(luò)。結(jié)果顯示,基因MSTRG32506和MSTRG37791是網(wǎng)絡(luò)中的關(guān)鍵節(jié)點,MSTRG.11651可能是潛在的核心基因(圖3B)。此外,這些基因都在E組中高表達(圖3C)。共表達分析結(jié)果表明蘆葦?shù)哪望}性與鐵死亡有一定的關(guān)系。
圖3?耐鹽基因與增長退化相關(guān)基因網(wǎng)絡(luò)分析